使命
存保會的使命是根據《存款保障計劃條例》(《存保條例》)和國際間的最佳做法,維持一個既具效率又有成效的存款保障計劃。
職能
根據《存保條例》第5條,存保會的職能包括:

維持存保計劃;

收取成員銀行的供款;

管理存保基金;

在成員銀行倒閉時向存戶發放補償;以及

從倒閉成員銀行的資產中討回已經向存戶支付的補償金額。
與香港金融管理局的關係
根據《存保條例》第6條,除非財政司司長另有指示,否則存保會須透過金融管理專員執行其職能。因此香港金融管理局(金管局)為存保會執行存保計劃的管理工作,並已經就此安排一組專業和支援員工協助存保會履行其職能。
該組人員由金管局其中一位助理總裁領導,而該助理總裁亦獲委任為存保會的總裁負責監督存保計劃的日常運作。此外,金管局亦為存保會提供行政支援,包括會計、行政、人力資源及資訊科技。此項安排所衍生的支出,存保會根據《存保條例》的規定以成本價向金管局償付。有關細節載於存保會與金管局簽訂的合作備忘錄。